🙋🏼关于我

我是张平路（Pinglu Zhang），目前在    电子科技大学基础与前沿研究院（IFFS）攻读计算机科学与技术博士学位。

我也在    北京中关村学院进行联合培养。

我在 Malab 实验室从事序列比对研究，导师是邹权教授。主要研究方向包括大规模多序列比对、多基因组比对和着丝粒区域比对。

欢迎交流与合作，联系邮箱：zpl010720@gmail.com。

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🔥 近期动态

• 2025.12.11:  🎉🎉 获国家自然科学基金青年学生基础研究项目（博士研究生）资助！
• 2025.11.30:  🎉🎉 论文获 Genome Biology 接收！
• 2025.02.07:  🎉🎉 论文获 Genome Research 接收！
• 2024.12.30:  🎉🎉 获电子科技大学与北京中关村学院联合培养博士项目录取！
• 2024.09.08:  🎉🎉 个人主页上线！

💰 科研资助

• 国家自然科学基金青年学生基础研究项目（博士研究生）：面向全基因组的大规模多物种基因组比对研究

📝 论文发表

Genome Biology 2025

HAlign-G: rapid and low-memory multiple-genome aligner for large-scale closely related genomes

Pinglu Zhang^†, Tong Zhou^†, Yanming Wei, Qinzhong Tian, Yixiao Zhai, Yizheng Wang, Quan Zou, Furong Tang*, Ximei Luo*

Genome Biology, 2025, 中科院1区, IF2025=9.4

论文   代码   

• HAlign-G 面向大规模多基因组比对，将 BWT-FM-LIS 索引、优化的 K-band 算法与星形比对策略相结合，提高运行速度并降低内存开销。

• HAlign-G1 用于种内多序列比对，HAlign-G2 用于跨物种多基因组比对，两者分别针对不同的进化信号进行了优化。

• 在短基因组和长基因组数据集上的基准测试中，HAlign-G 相较现有方法比对更准确、内存占用更低，运行速度也显著更快。

Genome Research 2025

Fast sequence alignment for centromere with RaMA

Pinglu Zhang, Yanming Wei, Qinzhong Tian, Quan Zou, Yansu Wang*

Genome Research, 2025, 中科院1区, nature index journal, IF2024=6.24.

论文  代码  

• RaMA 是一款面向着丝粒区域的序列比对工具，利用稀有匹配确定锚点，并采用两段式仿射空位罚分，更准确地反映序列演化特征。
• RaMA 结合并行计算与波前算法，最高可实现 13.66 倍加速，内存占用仅为 UniAligner 的 11%。
• RaMA 提出了两种界定可靠比对区域的方法，提高着丝粒比对统计的准确性，为分析遗传变异提供更可靠的依据。
• 对模拟数据和高阶重复（HOR）阵列的下游分析表明，RaMA 能够更准确地识别真实 HOR 结构，并界定可靠的比对区域。

Bioinformatics 2024

FMAlign2: a novel fast multiple nucleotide sequence alignment method for ultralong datasets

Pinglu Zhang, Huan Liu, Yanming Wei, Yixiao Zhai, Qinzhong Tian, Quan Zou*

Bioinformatics, 2024, 中科院3区, CCF-B, IF2024=4.4.

论文  代码  

• FMAlign2 是一种改进的多序列比对（MSA）方法，利用后缀数组与纵向划分策略，对超长序列进行并行比对。
• FMAlign2 在保持比对精度的同时缩短运行时间，可高效处理长度达数十亿碱基的序列。

• PS-mixer: A polar-vector and strength-vector mixer model for multimodal sentiment analysis, H Lin^†, P Zhang^†, J Ling, Z Yang*, LK Lee, W Liu. Information Processing & Management, 2023, 中科院1区, CCF-B, IF2023=8.6.  论文  代码  

• High-Quality Large-Scale Viral Genome Multiple Sequence Alignment with Updated HAlign4, P Zhang, Q Tian, Y Zhai, H Liu, Q Zou. International Conference on Intelligent Computing, 2026, pp. 291–302.  论文  代码  

• Chimera: Ultrafast and Memory-efficient Database Construction for High-Accuracy Taxonomic Classification in the Age of Expanding Genomic Data, Q Tian^†, P Zhang^†, Y Wei, Q Zou, Y Wang*, X Luo*. bioRxiv, 2025.  论文  代码  

• Fast and memory efficient partial order alignment with minipoa, H Liu, P Zhang, Y Wei, Q Tian, Y Zhai, Q Zou, M Niu. Genome Research, 2026，中科院1区, nature index journal, IF2025=6.3.  论文  代码  

• MMSpa is a deep learning-based tool that enhances the identification of spatial domains in spatial transcriptomics studies, Y Liu, Y Zhai, P Zhang, Q Zou, X Luo*. PLoS Biology, 2026, 中科院1区, nature index joirnal, IF2025=7.2.  论文  代码  

• A unified framework for potency-oriented AMP discovery via multi-modal learning and guided sequence synthesis, W Zhang, Y Wang, Y Zhai, P Zhang, Y Ding*, Q Zou*. PLOS Computational Biology, 2026, 22(9): e1014771.  论文  代码  

• deMEM: a novel divide-and-conquer framework based on de Bruijn graph for scalable multiple sequence alignment, Y Wei, Z Huang, P Zhang, Y Wang, Y Li, L Yu*, Q Zou*. GigaScience, 2026, 中科院2区, IF2024=3.9.  论文  代码  

• Application and Comparison of Machine Learning and Database-Based Methods in Taxonomic Classification of High-Throughput Sequencing Data, Q Tian, P Zhang, Y Zhai, Y Wang*, Q Zou*. Genome Biology and Evolution, 2024, 中科院2区, IF2024=3.2.  论文  代码  

• TPMA: A two pointers meta-alignment tool to ensemble different multiple nucleic acid sequence alignments, Y Zhai, J Chao, Y Wang, P Zhang, F Tang*, Q Zou*. PLOS Computational Biology, 2024, 中科院2区, CCF-B, IF2024=3.8.  论文  代码  

• ReAlign-P: A vertical iterative realignment method for protein multiple sequence alignment, Y Zhai, P Zhang, Q Zou, X Luo*. Bioinformatics, 2025, 中科院3区, CCF-B, IF2025=5.4.  论文  代码  

• TCM@MPXV: A Resource for Treating Monkeypox Patients in Traditional Chinese Medicine, Xin Zhang, Feiran Zhou, Pinglu Zhang, Quan Zou* and Ying Zhang*. Current Bioinformatics, 2024, 中科院3区, IF2024=2.4.  论文  

• HAlign-4: A New Strategy for Rapidly Aligning Millions of Sequences, T Zhou, P Zhang, Q Zou*, W Han*. Bioinformatics, 2024, 中科院3区, CCF-B, IF2024=4.4.  论文  代码  

• TAXICF: Efficient Index Construction and Accurate Metagenomic Classification with Interleaved Cuckoo Filters, Q Tian, P Zhang, Q Zou. International Conference on Intelligent Computing, 2026, pp. 349–360.  论文  代码  

• ReAlign-Star: An Optimized Realignment Method for Multiple Sequence Alignment, Targeting Star Algorithm Tools, Y Zhai, P Zhang, Y Liu, Q Zou*. International Conference on Intelligent Computing, 2025, CCF-C.  论文  代码  

🎖 荣誉奖励

• 2026.10 国家奖学金。
• 2026.10 第五届前沿交叉研究院院长联席会优秀墙报奖。
• 2026.03 电子科技大学学术新秀。
• 2025.03 电子科技大学优秀研究生、学术青苗。
• 2023.09 CBC 数据挑战赛全国一等奖（综合排名第一）。

📖 教育经历

• 2023.09—至今：电子科技大学基础与前沿研究院（IFFS），博士研究生。  

• 2025.03—至今：北京中关村学院，博士研究生（联合培养）。 

• 2024.06—2025.03：电子科技大学长三角研究院（衢州），硕士研究生（联合培养）。